5x01 - Chuck vs. the Zoom

Az intersect nélkül a fejében, és a CIA támogatása nélkül a kémkedés világa egy sokkal veszélyesebb világ Chuck Bartowskinak és a szabadúszó kém csapatának. Kezdésnek a Charmichael Vállalat elvállalja, hogy elkap egy furfangos, és gazdag tolvajt, akit Jean Claude-nak hívnak (Mark Hamill vendégszereplő), és egy vele összejátszó befektetőt, Roger Bale-t (Craig Kilborn vendégszereplő), akik a világ pár legveszélyesebb embereitől loptak pénzt. Eközben Morgan segít Chucknak egy Sarahnak készülő különleges meglepetéssel. A Buy More-ban Jeff és Lester egy újabb szintet léptek át az ügyeskedésükkel.

5x02 - Chuck vs. the Bearded Bandit

A csapat elvállalja egy eltűnt személy ügyét, de Chuck vállalatának beindításával küzd, mivel a Carmichael Industries rivalizál egy másik biztonsági céggel, amit a kemény és hatékony Gertrude Verbanski (Carrie-Anne Moss vendégszereplő) vezet. Eközben Morgan próbál hozzászokni az Intersecthez, miközben Chuck ahhoz szok hozzá, hogy ő Morgan kezelője. A Buy More talál egy szokatlan szóvivőt, aki segít fellendíteni az üzletet.

5x03 - Chuck vs. the Frosted Tips

A csapat feladata ezúttal a CIA legkeresettebb emberének a megtalálása, és Chuck fél, hogy az Intersect Morgan fejébe száll. Eközben Sarah besegít Casey szerelmi életébe, míg másutt Captain Awesome egy ijesztő felfedezést tesz, ami Jeffet és Lestert érinti.

5x04 - Chuck vs. the Business Trip

Chuck és Sarah titkos küldetésen lesznek egy Buy More nagygyűlésen, hogy elkapjanak egy bérgyilkost, akinek a célpontja az új Intersect. Eközben Morgannek az Intersect felelőségeivel kell megbirkóznia. A Buy Moreban Jeffnek egy teljesen új oldalát ismerhetjük meg.

5x05 - Chuck vs. the Hack Off

Chuck visszatér hacker énjéhez, amikor a küldetésen egy számítógépes vírust kell követnie a csapatnak. Segítséget is kell kérniük ehhez a legnagyobb vetélytársuktól, Gertrude Verbankskitól. Eközben egy új Buy More alkalmazott bonyolítja Jeff és Lester barátságát.

5x06 - Chuck vs. the Curse

Chuck és Sarah versenyt fut az idővel, hogy hatástalanítsak egy veszélyes számítógépes vírust. Szembeszállnak Robyn Cunnings-szal, egy kegyetlen kémmel, aki nem áll le, amíg meg nem kapja amit akar. Eközben Ellie és Awesome randija egy veszélyes fordulatot vesz. Morgan egy különleges küldetésre megy, hogy visszaszerezze Chuck N.A.D.R.Á.G.-ját.

5x07 - Chuck vs. the Santa Suit

Chuck és Sarah rájön, hogy ki áll a Carmichael Industriest érő támadások mögött. Eközben Ellie karácsonyi terve kezd darabokra esni, míg a Buy More-ban Morgannek és a többieknek dühös vásárlókat kell feltartania, mert egy számítógépes vírus tönkre akarja tenni a karácsonyt.

5x08 - Chuck vs. The Baby

Sarahnak szembe kell néznie a titokzatos múltjával, de úgy érzi ezt egyedül kell tennie, míg Chuck segíteni akar neki. Sarah aggódik, hogy ártani fog a hozzá legközelebb állókhoz - beleértve az anyját (Cheryl Ladd vendégszereplő) is, amikor véletlen találkozik az ő mesterével, Kieran Rykerrel (Tim Dekay vendégszereplő).

5x09 - Chuck vs. the Kept Man

Míg Chuck és Sarah fontolóra veszi a következő lépést a kémvállalatuk számára, addig Casey tiltott szerelme, Gertrude Verbanski (Carrie-Anne Moss vendégszereplő) visszatér egy bizonytalan tengerparti küldetéssel. Eközben Jeff fokozott intelligenciája őt és Lestert arra a következtetésre vezeti, hogy valami furcsaság van a Buy More-ban.

5x10 - Chuck vs. the Bo

Amint Chuck és Sarah egy új és biztonságosabb jövőt próbálnak megvalósítani, Morgan Intersectes múltja Vailbe küldi őket egy utolsó küldetésre, ahol szokatlan forrásból szereznek maguknak segítséget - a legendás Bo Derek (mint saját maga). Máshol Jeff és Lester folytatják a saját kém küldetésüket.

5x11 - Chuck vs. the Bullet Train

Túszhelyzetté fajul egy Japánban zajló küldetés, ezért Sarahnak és Chucknak szembe kell szállnia a kegyetlen Nicholas Quinnel (Angus Macfadyen vendégszereplő) egy japán gyorsvonat fedélzetén. A küldetés Casey-t egy nehéz döntés elé állítja.

5x12 - Chuck vs. Sarah

Egy szívszorongató küldetés után Sarah hatalmas titokkal tér vissza Chuckhoz. Eközben Ellie és Awesome kap egy új lehetőséget, ami megváltoztathatja az életüket.

5x13 - Chuck vs. the Goodbye

Chuck elnyeri családja, barátai és pár váratlan szövetséges támogatását, hogy megállítsa Nicholas Quinnt (Angus Macfadyen vendégszereplő) abban, hogy leromboljon mindent, amit ő az elmúlt öt évben felépített.